俄罗斯沙皇和大牧首的住地

1547年，莫斯科大公伊凡四世在克里姆林宫的圣母升天大教堂正式接受沙皇封号，这符合他专制的统治形式。

从伊凡四世的加冕仪式开始，无论是加冕为王还是接待外国使节，沙皇打猎还是检阅军队，宫廷仪式有了特殊意义。

为证明“莫斯科沙皇国”及其统治者的特殊地位，大量历史人物和教会人员被封为圣徒，因此俄国在16世纪的圣人数量比以往几个世纪的总和还多。这也正是克里姆林宫教堂装点纪念画像和创造出一系列文学作品的基础。其中占据特殊地位的是插画编年史汇编，这是一本涉及广泛的史书，记述了从创世纪到伊凡雷帝统治时期的事件。汇编的几乎每一页都有精美的小型彩画，数量超过16000幅，其中许多画描绘了古代克里姆林宫的真实建筑古迹。

在1552年和1556年征服喀山汗国和阿斯特拉罕汗国（15世纪从金帐汗国分裂出来）后，俄国及其统治者的威望大大提高。

为纪念这些事件，1555-1561年建造了圣母代祷大教堂，即瓦西里升天教堂。这座教堂的特殊意义体现在教堂的选址在克里姆林宫墙外，但离斯帕斯基正门不远，这里逐渐形成了莫斯科的新公共中心——红场。

1563年，在利沃尼亚战争期间，罗斯古城波洛茨克回归莫斯科沙皇国。凯旋而归的伊凡雷帝开始重修报喜大教堂。1563-1566年，大教堂的游廊上加盖了4个祭坛，以庇护俄国的第一个沙皇及其军队。因此报喜大教堂成了凸显莫斯科是东正教新中心的独特纪念性教堂。

伊凡雷帝统治期间，克里姆林宫设立了中央行政衙门。各个衙门大楼位于克里姆林宫的伊万诺夫广场，使该广场成为国家行政中心。其中最主要的是外交衙门，负责处理外交和使节仪式的问题。此外还出现了负责管理复杂的宫廷事物、库房和作坊的衙门，位于国王庭院的石头宫殿里。历史记载中首次提到沙皇的主要库房是在1547年。编年史在记载当时克里姆林宫发生的一次可怕的大火时提到了沙皇国库、兵器库、金库和沙皇的马厩。

沙皇权力确立的同时，俄罗斯正教会的地位得到加强。1448年俄罗斯正教会在未经君士坦丁堡批准的情况下在克里姆林宫自行选出都主教约拿。俄罗斯正教会由此独立。

1589年在伊凡雷帝之子费奥多尔·约安诺维奇当政期间，俄国确立了牧首制。第一位俄国大牧首是约夫。都主教在克里姆林宫的古老领地转交给他，其面积大幅增加并建造了新的石头住宅和教堂。俄罗斯正教会领袖的庭院在莫斯科克里姆林宫的重要性位列第二，这完全符合沙皇和大牧首这两个 “被上帝选中的” 俄罗斯统治者的地位。

在戈杜诺夫在位的短暂岁月中，发展和建设俄国城市在他的内政任务中占有特殊位置。这些努力带来了一定成果，即戈杜诺夫在位期间对莫斯科和克里姆林宫的早期规划。

17世纪初确定了克里姆林宫精美且准确的规划图。它展示了穿过克里姆林宫斯帕斯基大门、尼科利斯基大门和圣三一大门的莫斯科街道是如何向通往大教堂广场和伊万诺夫广场的克里姆林宫中心延伸的。规划显示了克里姆林宫庭院的特点——具有封闭性，所有通往楼房的入口均在庭院一侧，其仪式建筑和日常房屋被分隔开。

戈杜诺夫将克里姆林宫与更大规模的城市规划联系起来。1600年伊凡大帝钟楼增建了一层，其高度达到81米。莫斯科需要这样一个能够鸟瞰整个城市的高层建筑。增建钟楼是戈杜诺夫沙皇实现克里姆林宫效仿耶路撒冷圣殿这一构想的第一步，这种猜测不无道理。钟楼下方的金色题字令戈杜诺夫及其继承者费奥多尔的名字永垂不朽。

但戈杜诺夫没能建立起一个新王朝——他的政敌、舒伊斯基亲王和罗曼诺夫家族过于强大。