牧首宫根据尼孔牧首的命令于1653-1655年在古代都主教宫和牧首宫的原址建成。巨大3层建筑位于大教堂广场建筑群的北边,形成完整宫殿群。
十二使徒教堂下面是宽敞的通车门洞,与牧首宫浑然一体。装饰牧首宫正南面的假拱饰带真像圣母升天大教堂和天使报喜大教堂的同样装饰。牧首宫一楼是总务处和牧首处,二楼是豪华大堂(十字架大堂和食堂)与小礼拜堂,三楼是牧首的内室。
十字架大堂曾是尼孔牧首的豪华接待厅,占地280平米,被一个穹顶笼罩,第一次没有利用中央支柱。十字架大堂后来成了俄罗斯大修道院斋堂的榜样。